平成10(1998)年５月　　　 山口県立下関第一高等学校を文部省「中高一貫教育にかかわる実践研究事業」実践協力校に指定（平成10・11年度）

平成11(1999)年９月27日 山口県教育委員会が、山口県立下関第一高等学校を現地建て替えにより、平成16年４月をめどに中等教育学校に移行するとの方針を表明

平成15(2003)年11月１日　 山口県立下関中等教育学校を設置

　　　　　　　　　　　 初代校長　町田 政勝 着任

平成16(2004)年４月１日　 文部科学省研究開発学校に指定(平成16～18年度)

                      ４月８日　 山口県立下関中等教育学校開校式、入学式、校舎竣工式

平成17(2005)年３月13日　 グラウンド工事完成

平成18(2006)年４月１日　 ２代校長　永冨 康文 着任

                      ４月13日　 韓国慶尚南道晋州高等学校との姉妹校締結式

平成19(2007)年４月１日　　文部科学省研究開発学校指定延長(平成19～21年度)

平成21(2009)年４月１日　　３代校長　藤嶋 敏男 着任

平成22(2011)年４月１日　　文部科学省教育課程特例校に指定（平成22～27年度）

平成25(2013)年４月１日　　４代校長　中垣 謙司 着任

                     11月１日　　 創立10周年記念式典

平成27(2015)年４月１日　 ５代校長　大木　至 着任

平成30(2018)年４月１日　 ６代校長　檜垣 英夫 着任

令和  2(2020)年４月１日　 ７代校長　宮村 和幸 着任

令和  3(2021)年４月１日　 ８代校長　山本 弦 着任

令和  5(2023)年４月１日　 ９代校長　山本 泰之 着任

令和  7(2025)年４月１日　１０代校長　吉村 勇治 着任